Delle tre principali strutture che formano il complesso dell’eremo (la chiesa, il convento e la foresteria), la chiesa stessa è conservata meglio, in quanto fu dedicata al culto anche dopo l’abbandono del convento; nel 1971 essa fu completamente restaurata per volontà dei signori Ilo e Milena Nunes che a tale scopo rilevarono l’eremo dai nobili Roncioni. Le foto qui accanto risalgono al 1975 (da Rupecava: alle radici della memoria, di G.P. Benotto, Bandecchi e Vivaldi 2007)
Negli anni seguenti la chiesa fu però vandalizzata ripetutamente ad opera di esponenti del gruppo neofascista Ordine Nero e poi definitivamente devastata il 16 agosto del 1980 da parte di quattro giovani pisani (La Nazione, 20 e 27 agosto 1980) che frantumarono gli arredi interni, le lapidi, e abbatterono gli altari e i confessionali. Con l’inevitabile successivo abbandono è poi parzialmente crollato anche il tetto.
Nel 2017 è stato possibile procedere ad un intervento di parziale manutenzione, con l’installazione di ponteggi volti ad impedire un ulteriore crollo della copertura. La ditta K.L.TeamRestauro di Koka Lulezim ha contribuito volontariamente alla ricostruzione della scala esterna di accesso alla grotta superiore e al consolidamento dell’abside della chiesa.
